داشت كه در يك فرسخى بغداد بر راه نهروان او را گرفتند و كشتند و سرش را پيش محمد بردند . در ماه محرم سال صد و نود و هشتم هرثمه از سمت شرقى و طاهر از سمت غربى وارد شدند و طاهر در جنگ بكوشيد تا بيشتر سمت غربى را اشغال كرد و محمد را در مدينهء ابو جعفر منصور محاصره كرد . امين پنهانى با هرثمه مكاتبه كرد كه به طرف او رود كه به او بيشتر از طاهر اعتماد داشت . هرثمه نيز براى اين كار آماده شد و با يك كشتى كه متعلق به او بود بيكى از آبگاهها رفت و امين را با خود سوار كرد و طاهر از قضيه خبر يافت و عده‌اى از خاصان خود را بفرستاد كه كشتى را وارونه كردند و محمد امين بوسيلهء شنا نجات يافت و بدست يكى از ياران طاهر افتاد كه او را بگرفت و بطاهر خبر داد و او كسانى را بفرستاد كه او را بكشتند و سرش را پيش او بردند كه آن را به خراسان پيش مأمون فرستاد . قتل وى بشب يكشنبه پنج روز مانده از محرم همين سال كه صد و نود و هشتم بود در سى و سه سالگى رخ داد . خلافت وى چهار سال و هفت ماه و ده روز بود . وى نكوصورت و خوش اندام و سپيد و چاق و ريز چشم و شانه فراخ و نيرومند و بخشنده و بدكار و سست رأى و خونخوار بود . تابع هوس بود و كار خود را مهمل ميگذاشت و در كارهاى بزرگ به ديگران تكيه ميكرد و به كسانى كه صميمى نبودند اعتماد داشت . وزارت او با فضل بن ربيع بود تا وقتى كه فضل اختلال و سستى كار او را عيان ديد و رو نهان كرد و هر يك از كاتبان وى كه حاضر بود چون اسماعيل بن صبيح به كار وزارت نيز ميرسيد . عده‌اى از ياران وى از جمله محمد بن عيسى بن نهيك و سندى ابن شاهك و سليمان بن ابى جعفر منصور بر او تسلط داشتند .